وفي 30 مايو 2015 نشر المستشار مصطفى عبد الجليل شهادته حول  إغتيال يونس  ، وقال "يدعي التيار الإسلامي أن المرحوم كان يسعى لتفشيل عمل حلف شمال الأطلسي (ناتو) حتى لا تنتصر الثورة، واستشهدوا بقوله في مؤتمر صحفي إن (الناتو) مش تاج فوق رؤوسنا فلقد نفد صبرنا وللصبر حدود، وكانت تلك الفترة هي التي تباطأ فيها عمل المجتمع الدولي انتظارًا لخارطة الطريق، التي استغرقت أكثر من شهر بين مناقشات مع المكتب التنفيذي في عدة اجتماعات، ومع مؤسسات المجتمع المدني في بنغازي ومع أساتذة الجامعة، ولم يكن للعسكريين علم بذلك الأمر، كما استشهدوا بما أثبتته قناة العربية من صناديق خشبية مكتوب عليها الهلال الأحمر القطري، وتفتح بالجبهة وإذا بها صواريخ مضادة للدبابات (صواريخ الميلان) التي أمدتنا بها دولة قطر، وأسندوا هذا الخلل المتعمد للمرحوم الشهيد عبدالفتاح يونس، وأنا على يقين أنه بريء -والكلام دوما لعبد الجليل- من ذلك".

وتابع عبد الجليل مفندّا الاتهامات التي ساقها الإسلاميون بحق يونس قائلا إن "الصواريخ سلمها القطريون للمجموعات الإسلامية الموجودة بمعسكر 17 فبراير بقاريونس، ودربوهم عليها، وحضر بعض أعضاء المجلس مشروع رماية تجريبية عنها، فهذا الموضوع لا علاقة لجيش التحرير بهذا الأمر".وأضاف عبد الجليل أن الإسلاميين اتهموا اللواء يونس بالتواصل مع عبد الرحمن الصيد (رئيس أركان القوات الليبية في نظام القذافي) علما أن المجلس الوطني كان على علم أن الصيد كان يقف مع الثورة وكان هناك محاولات لتأمين انشقاقه.وواصل عبد الجليل: "استشهدوا بعدم قيام المرحوم عبدالفتاح يونس بقفل الرادار الخاص بقاعدة بنينا لأنه يعكس معلومات لطرابلس، ونسي الجميع أن الطائرات المكلفة بقصف الثوار اثنتان منها هبطتا في مالطا يوم 22 شباط/فبراير 2011، والأخريات تعمد طياروها عدم إصابة الأهداف الحيوية، فتم قصف المطار بعيدًا عن المدرج في مطار بنينا، ولم يتضرر الثوار من ذلك الطيران في أي مكان وعلي أي نحو.."القصة المؤكدة عن مقتل عبد الفتاح يونس، أنه بناء على تقارير اتهام الإسلاميين للواء يونس بالخيانة، أصدر علي العيساوي، وكان رئيس الوزراء بالوكالة، قراراً بتاريخ 25 يوليو 2011 ينص على تشكيل لجنة قضائية، أصدرت بدورها، في اليوم نفسه أمراً بالقبض على اللواء يونس وإيداعه التحفظ لحين مباشرة الاستدلال والتحقيق بتوقيع من رئيس اللجنة القضائية. وقد تم تنفيذ  أمر القبض على اللواء يونس، الذي كان موجودا في جبهة البريقة، مجموعة إسلامية متطرفة تابعة لكتيبة "أبو عبيدة" يقودها القاعدي ”أحمد بو ختالة”.وأقدمت مجموعة بوختالة، بنية مبيتة، على إعدام اللواء يونس ومرافقيه الاثنين بالرصاص، ثم حُرقت جثثهم في منطقة مهجورة تسمى "وادي القطارة" على بعد نحو 40 كيلومترًا من بنغازي.
وفي شهادة أخرى قال عبد الجليل  أن عبد الفتاح طلب أن يكون مشاركاً في قيادة الأجسام التي تشكلت بعد الثورة، فاقترح المستشار اسمه على المجلس واختير رئيساً لجيش التحرير حسب تعبيره.وأشار إلى أن علي العيساوي لم تكن علاقته جيدة باللواء، وأنه أتى رفقة 16 شخصاً آخرين – لم يوضح من هم – يحملون تقارير عن مخالفات لعبد الفتاح، وحينها أصدر رئيس المجلس الانتقالي أمر التحقيق.تمت إحالة الأمر للمكتب التنفيذي فشكل علي العيساوي لجنة تحقيق تضم كلاً من مسؤول ملف الأوقاف سالم الشيخي، ومسؤول ملف الداخلية أحمد حسن الضراط، إضافة إلى محمد العلاقي بصفته مسؤول ملف العدل في المكتب التنفيذي، شكلت هذه اللجنة بدورها لجنة تحقيق يرأسها القاضي جمع الجازوي بعضوية كل من المستشار عوض الجراري ووكيل النيابة أسامة الشاعري.

وقال رئيس المجلس الانتقالي إن جمعة الجازوي أصدر أمر القبض على عبد الفتاح يونس بدون الرجوع لزميليه في لجنة التحقيق، وحمل الأمر أخوه رجب الجازوي، ، وأوكل تنفيذ الأمر لثلاث ضباط، كمال الأخضر، والشيخي، وعادل البرعصي فرفضوا التعامل معه إلا بأمر من الشرطة العسكرية.حينها توجه رجب الجازوي إلى غرفة الثوار ليقوم رتل مكون من 40 سيارة بالتوجه إلى مكان تواجد عبد الفتاح في غرفة عمليات الجيش في اجدابيا وحاصروها، واقتادوه إلى معسكر قاريونس في بنغازي.تم نقل اللواء إلى معسكر كتيبة أبو عبيدة الجراح والذي يرأسه أحمد أبو ختالة، من دون أن يشير المستشار كيف تم ذلك، وأرجع السبب للقلق على عبد الفتاح يونس فقط.وأكد أن المتواجدين حينها في المعسكر كانوا متطرفين إسلاميين، وبحسب الشهادة التي نقلها عن كل من الراحلين مصطفى الربع وعبد الفتاح البسكري، أن الربع حينما كان يقود السيارة لنقل اللواء ورفيقيه محمد خميس وناصر مذكور، تم إطلاق النار عليهم في بوابة معسكر أبوعبيدة من متطرفين يحملون عداوة لعبد الفتاح يونس بسبب حرب كرسة، وبين عبد الجليل أن أسماء المطلوبين موجودة في تحقيقات قدمت للقضاء.وأوضح أن جمعة الجازوي كان في طبرق ولم يكن متواجدا في بنغازي، وهو من أبلغه بمقتل عبد الفتاح يونس متهماً من أسماهم “الجماعة الجهادية التكفيرية” بذلك.وعند سؤال رئيس المجلس الانتقالي عن علاقة الإخوان المسلمين بمقتل عبد الفتاح يونس، أجاب: “نعم”.