تأسست مدينة مانيلا في تاريخ 24 يونيو 1571، على يد الغازي الإسباني ميغيل لوبيز دي ليغازبي، حيث كانت مانيلا بلدًا مسلمًا من ذي قبل، وكانت تسمى (أمان الله) قبل وصول الإسبان إليها العام 1571م، وقد حكمها في ذلك الوقت أميران، هما سليمان وماتندا. كما حكم أمير آخر اسمه راجا لاكاندولا قرية أخرى في الجزء الشمالي من نهر باسيغ.

وأغرت منطقة مانيلا الغنية الواقعة خلف الساحل الكابتن ميغيل لوبيزدي لجازبي قائد الحملة الإسبانية إلى الشرق. وفي العام 1571م، عقد الكابتن لجازبي معاهدة صداقة رسمية مع الأمراء سليمان وماتندا ولاكاندولا، وشكل مجلسًا بلديًا يتألف من حاكمين اثنين و 12 مستشارًا وسكرتيرًا.

وقد أصدر ملك إسبانيا فيليب الثاني في العاشر من شهر يونيو العام 1574م مرسومًا ملكيًا أطلق بموجبه على مدينة مانيلا لقب المدينة المميزة ودائمة الولاء.

في العام 1595م أصبحت مانيلا عاصمة للأرخبيل. وكان موقع مانيلا القديمة إبان الحكم الإسباني بالقرب من مصب نهر باسيغ. وكان يحيط بالمدينة سور، ولذلك فقد كان يطلق عليها آنذاك اسم المدينة المُسَوَّرة.

تناثرت خارج المدينة قرى كان يحكم كلاًّ منها زعيم ويوجد فيها سوق. وعندما قوي حكمهم، بدأ الإسبان ببناء الكنائس والمدارس داخل المدينة المسورة وكذلك في الخارج بالقرب من الأسواق، وهذا ما ساعد على انتشار المذهب الكاثوليكي.

امتد بناء مانيلا إلى خارج الأسوار لاستيعاب كنائس جديدة. وتطوّرت القرى القديمة إلى مراكز تجارية وسكنية تحولت إلى مناطق تتبع الآن لمانيلا.

بدأ الراهب الأوغسطيني أندري دي أوردانيتا ـ الذي رافق الحملة الإسبانية العام 1565م ـ بنشر المسيحية حين أسس عدة كنائس وأديرة ومدارس. وتعتبر كنيسة سان أوغسطين في المدينة من أقدم الكنائس في مانيلا.

كانت مانيلا تعاني من مشاكل داخلية وخارجية خطيرة، ولفترات عديدة، خلال الحكم الإسباني وقد قام الصينيون بثورات ضد الإسبان في الأعوام 1600 و1609 و1645م، كما ثار السكان الأصليون في مناطق أخرى من البلاد ضد النظام التعسفي، الذي مارسه بعض مسؤولي الحكومة.

احتل البريطانيون مانيلا من العام 1762م وحتى عام 1764م، وذلك في خلال حرب السنوات السبع، لكنهم أعادوا المدينة إلى الإسبان بعد توقيع معاهدة صلح بينهم.

حدث تطور كبير في مجال تشييد المباني العامة والنقل والمواصلات والتجارة خلال القرنين الثامن عشر والتاسع عشر الميلاديين. وبنيت بوابات للمدينة بين عامي 1781م و1783م. وانفتحت المدينة على التجارة الخارجية العام 1832م، كما أدى افتتاح قناة السويس بمصر في العام 1869م إلى تحسن الوضع التجاري للمدينة.

وافتتح أول خط تليغراف وأول خط سكك حديدية يربط مانيلا بداغوبان العام 1872م. وشغّـلت أول شبكة لتزويد السكان بمياه الشرب عام 1882م، ثم كانت مانيلا مركزًا نشطًا للثورة الفلبينية التي بدأت العام 1896م تحت قيادة أندريه بونيفاشيو، حيث شكل منظمة سرية في قريته بالقرب من مانيلا أطلق عليها اسم كاتيبو نان، اكتشفها حاكم هذه المنطقة وأعلن الأحكام العرفية في مانيلا في 30 أغسطس 1896م. وكانت مانيلا إحدى ست مناطق ثارت ضد الإسبان، وهكذا فإن إشعاعات الشمس الثمانية الموجودة في علم الفلبين الحالي تمثل ذكرى هذه الحادثة.

هزم الأسطول الأمريكي الأسطول الإسباني في خليج مانيلا العام 1898م، وبعد ذلك، احتلت القوات الأمريكية المدينة وعينت حكومة عسكرية استمرت حتى 7 أغسطس العام 1901م، ثم وافقت اللجنة الفلبينية على ميثاق جديد لمدينة مانيلا.

وخلال الحرب العالمية الثانية (1939- 1945م) أصبحت مانيلا مدينة مفتوحة، وانسحبت القوات المسلحة الفلبينية والأمريكية منها، واحتل اليابانيون مانيلا في شهر يناير 1942م، ولم تعان المدينة كثيرًا أثناء الغزو الياباني، بل تضررت عندما أعادت القوات الأمريكية السيطرة عليها في شهر فبراير العام 1945م. وأعيد بناء مانيلا بمساعدة الولايات المتحدة، بحسب موقع "الفلبين بالعربي".