تجمع المغرب ومالي اتفاقيات متنوعة من أجل تمتين علاقات متعددة الأبعاد. وقد عرفت هذه الاتفاقيات زخما كبيرا ، بغية تمديد جسور التعاون مع الدول الإفريقية بما يخدم التعاون جنوب-جنوب، وخاصة بلدان القارة السمراء، لا سيما تلك التي تسعى إلى التخلص من نعراتها الداخلية في أفق مستقبل آمن.

وكان تاريخ 26 أكتوبر 2000، محطة انطلاق الاتفاقيات بين الرباط وباماكو في عهد الملك محمدالسادس حيث تم توقيع بروتوكول اتفاق للتعاون الثنائي في مجالات التشغيل والشغل والتكوين المهني، ينص على تبادل الخبرات والدراسات والزيارات والوثائق المتعلقة بسياسات التشغيل وتدبير سوق الشغل.

وسنة بعد ذلك في 18 شتنبر 2001، انضاف إلى الاتفاقية توقيع محضر للتعاون في مجالات الشباب والرياضة والطفولة والمرأة وتكوين الأطر.

وتعتبر تومبوكتو عمقا تاريخيا للمغرب، لذلك كان لها حضور في مشاريع مشتركة،  أفضى في 7 يوليوز 2003 إلى توقيع اتفاقيتين للتعاون بينها وبين مدينة مراكش، من أجل تقوية التعاون بين المدينتين وإقامة علاقات شراكة تهم مجالات تحديث أساليب إدارة الشؤون البلدية، وذلك من خلال تبادل الخبرات والتجارب بين المؤسستين إلى جانب المحافظة على البيئة والتطهير ومعالجة المياه المستعملة، وكذا تفعيل وإنعاش التبادل الثقافي والتنمية الاقتصادية والاجتماعية والصناعة التقليدية.

 وفي 11 فبراير 2005،  وقعت الرباط على عدد من اتفاقيات التعاون والشراكة بين مجلس جهة الرباط -سلا- زمور- زعير ومجلسي جهتي زيغنشور بالسينغالب وتومبوكتو بمالي.

 وشكلت مراكش ، في 6 يوليوز 2007 محطة لتعزيز التعاون بين المغرب ومالي، بالتوقيع فيها على مذكرة للتفاهم والتعاون تهدف إلى تطوير مجالات التعاون في ميدان الطاقة، خاصة في إنتاج ونقلوتوزيع المحروقات والطاقة الكهربائية، وضبط السوق الكهربائية، وكهربة العالم القروي، وتطوير الطاقات المتجددة، والتحكم في الطاقة، والتكوين في الميدان الطاقي،  فضلا عن تبادل المعلومات والزيارات وتنظيم تداريب ودورات تكوينية لفائدة الأشخاص العاملين في هذا القطاع وتشجيع الاستثمار لتنمية وإنجاز المشاريع الطاقية المشتركة.

 وشملت العلاقات الثنائية الجانب المال والاستثمار ، حيث تم التوقيع يوم 10 نونبر 2008 بباماكو على عقد تفويت 51 في المائة من رأسمال البنك الدولي لمالي " بيم-إس.أ " إلى مجموعة "التجاري وفا بنك" المغربية بقيمة 40 مليار فرنك إفريقي ، أي حوالي 60 مليون أورو.

وتتويجا للعمقين الديني والروحي بين البلدين، وإيمانا منهما بقيم الاعتدال والتسامح، وقعت الرباط وباماكو تحت رئاسة  الملك محمد السادس والرئيس إبراهيم بوباكار كيتا ، يوم 20 شتنبر 2013 اتفاقية في مجال تكوين الأئمة الماليين، يقوم بموجبها المغرب بتكوين 500 إمام مالي على مدى عدة سنوات.

 ولتنسيق المواقف بين مالي والمغرب في المحافل الإسلامية، أرخ البلدان يوم 11 نونبر 2013 في الرباط لاتفاق تعاون في مجال الشؤون الإسلامية، ينص على مشاركة الطرفين في المؤتمرات والندوات الإسلامية التي تعقد في كلا البلدين، وعلى تنسيق مواقفهما في المحافل الدولية حول القضايا الإسلامية ذات الاهتمام المشترك.