كانت مدينة اجدابيا في العصر الروماني عبارة عن مركز حربي وقد فتحها  عمرو بن العاص سنة 22هـ صلحا على أن يدفع أهلها خمسة آلاف دينار، وقد أسلم كثير منهم في هذا الفتح. بلغت أوج ازدهارها وأهميتها الإقليمية في القرن العاشر الميلادي، إبـّان حكم الفاطميين. ويرجع سبب أزدهارها إلى أهمية موقعها عند مفترق الطريق الساحلي وطرق القوافل الممتدة عبر الصحراء، ويعود اهتمام الفاطميين بها لموقعها الذي بفضله يمكن تأمين طرق التجارة بين مصر والمغرب. مما جعلها تنفرد بمجموعة مهمة من الآثار التي تعود لتلك الفترة التاريخية وتضم إلى جانب القصر الفاطمي- وهو درة التاج في إرث اجدابيا الأثري- كلا ً من : مسجد الإمام سحنون, ويعرف كذلك بالمسجد الفاطمي, وقصر الصحابي الموجود في منتصف المسافة بين اجدابيا وأوجلة وهي قلعة بنيت أثناء الفتح الإسلامي وسمى قصر الصحابي نسبة إلى عبد الله بن أبي السرح. كما يوجد بها حصن روماني تم اكتشافه في عام 1975م يقع شمال غرب مقبرة سيدي حسن.

عند انتقال المعز لدين الله الفاطمي من المغرب إلى مصر نزل سنة 362هـ بمدينة أجدابيا بالقصر الذي بنى له وعند وجوده بها أمر بأن تصنع فيها صهاريج لجمع مياه الأمطار.

وشهدت المدينة أوج عظمتها في القرون الثالث والرابع والنصف الأول من القرن الخامس الهجري، وفي النصف الثاني من القرن الخامس أخذت المدينة في الأضمحلال على أثر هجرة القبائل العربية من بني هلال وسليم إلى الشمال الأفريقي التي بدأت سنة 442هـ ثم توالت الهجرة على شكل موجات متعاقبة وقد ذكر العلامة ابن خلدون أن هذه القبائل قد ضربت المدينة الحمراء (برقة) وأجدابية وأسمرا وسرت.

وفي العصر الحديث احتلتها القوات الإيطالية للمرة الأولى في منتصف مارس (1914) ودمرتها تدميرا تاما ولم يبقى منها سوى القصر القديم الذي حولة الإيطاليون مقر لقيادة الجيش.

واعاد الإيطاليون احتلالها في (أبريل 1923م)

واتخذ منها الأمير ادريس السنوسي عاصمة الامارة بعد اتفاقية الرجمة في 25 أكتوبر 1920 وبموجب اتفاق الرجمة تقسمت برقة إلى قسمين: الشمالي، وفيه السواحل وبعض الجبل الأخضر يخضع للسيادة الإيطالية، والجنوبي وهو داخل ويشمل الجغبوب، واوجله وجالو، والكفرة، يكوّن إدارة مستقلة هي الامارة السنوسية، ويتمتع السيد محمد ادريس بلقب (أمير)، على أن يكون اللقب وراثياً، وعاصمة الامارة هي أجدابيا

قال عنها اليعقوبي المتوفى سنة 284هـ في كتابة البلدان :

"وهي مدينة عليها حصن وفيها جامع وأسواق قائمة. ولها أقاليم وساحل على البحر المالح على مقدار ستة أميال من المدينة وترسى به المراكب".-

وقال عنها ابن الحوقل في كتابه صورة الأرض الذي كتبه سنة 336هـ

" مدينة أجدابية على صحصاح البحر من حجر في مستواه، بناؤها بالطين والآجر وبعضها بالحجارة ولها جامع نظيف ويطيف بها من أحياء البربر خلق كثير، ولها زرع بالبخس وليس بها ولا ببرقة ماء جار، وبها نخيل حسب كفايتهم وبمقدار حاجتهم، وواليها القائم بما عليها من وجوه الأموال وصدقات بربرها وخراج زروعهم وتعشير خضرهم وبساتينهم هو أميرها، وصاحب صلاتها، وله من وراء ما يقبضه للسلطان لوازم على القوافل الصادرة والواردة من بلاد السودان. وهي أيضاً قريبة من البحر المغربي فترد عليها المراكب بالمتاع والجهاز وتصدر عنها بضروب من التجارة، وأكثر ما يخرج منها الأكسية المقاربة وشقة الصوف القريبة الأمر وشرب أهلها من ماء السماء".

وقال عنها  الأدريسي في القرن السادس الهجري  في كتابه نزهة المشتاق في أختراق الأفاق : " وأجدابية في الصحاح من حجر المستو كان لها صور فيما سلف، وأما الآن فلم يبق منها إلا قصران في الصحراء والبحر منها على أربعة أميال وليس بها ولا حولها شيء من النبات وأهلها الغالب عليهم يهود ومسلمون تجار ويطوف بها من أحياء البربر خلق الكثير وليس بأجدابية ولا ببرقة ماء جار وأنما مياههم من مواجن وسواني التي يزرعون عليها قليل الحنطة والأكثر شعير وذروباً من القطاني والحبوب ".

وقال عنها الرحالة المغربي العبدري في القرن السابع :

"أنه ليس هناك إلا قصر ماثل في الخلاء من الأرض لا ماء جار ولا شجرة واحدة."